Václav se ujal samostatné vlády již po zajetí Záviše z Falkenštejna. Prvním zásahem do správy státu byla výměna Závišových straníků, dosud působících v nejvyšších úřadech země, za loajálnější velmože. Na počátku ledna 1289 opustili posty ve státní správě Vítek z Krumlova a Závišův švagr Hroznata. Jejich místa a místa dalších Závišových lidí nyní zaujali šlechtici prohabsburské orientace jako Albrecht ze Žeberka nebo přeběhlíci z řad Závišových příznivců, například Hynek z Dubé,[65] který prostřídal funkce nejvyššího komorníka a purkrabího Pražského hradu.[66] Další část dvora nyní tvořili nemanželští potomci Přemysla Otakara II. a jejich příbuzní, mezi něž patřili Mikuláš Opavský nebo Jan, zastávající úřady probošta vyšehradského a kancléře království.[65] V následujících letech se ke dvoru připojili i významní lidé pocházející zejména z duchovenstva. Jistě ne náhodou se na králově dvoře objevil po náhlém skonu Jindřicha Proba míšeňský probošt Bernard z Kamence, který pomohl Václavovi při expanzi do Polska a při ovlivnění volby římského krále roku 1292.[67] Jeho předchůdcem byl Arnold Bamberský, který se spolupodílel na uklidňování českých pánů po zatčení Falkenštejna. A zřejmě od roku 1296 oba tyto zkušené diplomaty vystřídal Petr z Aspeltu a cisterciáčtí opaté Konrád s Heidenreichem.[68] Zásadní vliv mezi královskými rádci měl pražský biskup Tobiáš, který byl již vůdčí osobností protizávišovské opozice. Po jeho smrti, jakkoliv Václav udržoval s biskupským stolcem přátelské vztahy, již nikdy biskupové takového vlivu na Václavova rozhodnutí nedosáhli.
Jedním z prvních cílů, jenž před Václavem vyvstal, bylo zklidnění poměrů v království. Začalo opětovné nastolování pořádku a trestání těch, kteří porušovali zemský mír. Zároveň začal královský dvůr vymáhat zpět majetek nelegálně získaný za Závišovy vlády a předávat jej Václavovým příznivcům a loajálním šlechticům. V některých případech byl Václav dokonce nucen takto znovu nabyté bohatství rozdat, aby si do budoucna zajistil podporu významnějších velmožů. Například centrální část bývalého Závišova panství odstoupil Dobeši z Bechyně, značné odměny získal i biskup Tobiáš.[69] Většinu Vítkovců nezasáhly významnější represe, čehož dosáhl obratným vyjednáváním jeden z tehdejších nejvýznamnějších členů rodu Jindřich z Rožmberka, jenž se poté zařadil i k Václavově dvoru. Vyjma Závišových bratrů, jimž bylo umožněno výměnou za jejich majetek uprchnout,[pozn. 13] došli ostatní Vítkovci s královskou mocí k dohodě.[71] Dosud napjatá situace se tak v Čechách i na Moravě od roku 1290 postupně uklidnila.[72][73]